Beberapa penunjang kegiatan proses belajar mengajar :
- Sistem evaluasi di Insan Cendekia Al Mujtaba Boarding School menggunakan standar sekolah unggulan Insan Cendekia.
- Pendampingan belajar merupakan progam khusus bagi murid yang kurang terhadap pencapaian nilai evaluasi. Pendampingan belajar dibuat kelompok khusus terjadwal dengan pelaporan rutin kepada orang tua.
- Pembinaan lomba merupakan program pengayaan bagi murid yang memiliki minat dan potensi yang lebih di bidangnya.
- Program Bimbingan dan Konseling (BK) dan Bimbingan Teknologi Informasi dan Komunikasi (BTIK), meliputi bimbingan pribadi, bimbingan sekolah, bimbingan belajar dan karir, serta bimbingan teknologi informasi.
- Untuk Untuk meningkatkan kualitas lulusan SMP Insan Cendekia Al Mujtaba melaksanakan program bimbingan intensif. Program ini dilaksanalan untuk menyiapkan peserta didik menghadapi Ujian Sekolah Berstandar Nasional (USBN) dan Ujian Sekolah (US) serta Asesmen Kompetensi Minimum dan Survey Karakter